El conveni de creació es va signar el 15 de juny de 1982 i la primera seu fou inaugurada el 12 de març de 1984. Des d’aleshores fins a finals de l’any 2011, l’arxiu ha ocupat una part del castell medieval de la capital baix empordanesa, concretament, l’ala sud que fou afegida al recinte original en el segle XVI.

 

L’edifici actual ha estat inaugurat el 9 de juny de 2012, data de la signatura del conveni amb l’Ajuntament del Baix Empordà i el Consell Comarcal del Baix Empordà, que participa en la gestió de l’equipament des de l’any 1991. El responsable de l’obra ha estat l’arquitecte Jordi Casadevall i Dalmau que també va dirigir les obres de restauració i adequació de la primera seu.

 

L'Arxiu Comarcal del Baix Empordà conserva el fons municipal de l’Ajuntament de la Bisbal que fou l’origen de la seva creació, els de l’administració autonòmica a la comarca, i els d’altres administracions públiques, institucions públiques i privades i particulars de la comarca.