Com a conseqüència de les desamortitzacions del segle XIX, bona part del patrimoni artístic de l'Església es va dispersar o privatitzar. Amb la Renaixença catalana es va intentar recuperar i protegir tot aquest llegat amb iniciatives com el Museu de Lleida: Diocesà i Comarcal, fundat el 1893 seguint l’exemple del Museu Episcopal de Vic. Actualment gestiona un important llegat artístic provinent de les terres de ponent i de l'antiga Diòcesi de Lleida, que cobreix des de la prehistòria fins l'edat moderna.

El 2007 s’inaugura la nova seu que planteja criteris de museïtzació moderns. Durant la visita al museu cal fer parada obligatòria davant algunes peces destacades. Entre elles hi ha un cap de sàtir romà, frontals d’altar del segle XIII i fragments escultòrics romànics i retaules gòtics de la Seu Vella. Del Renaixement i Barroc trobem obres del pintor Pere Nunyes, escultures de Gabriel Joly i Damià Forment i diverses obres del pintor Antoni Viladomat.

De tota la col·lecció permanent destaquen dues peces úniques: el joc d’escacs del segle X-XI de Sant Pere d’Àger i la Mare de Déu de Bellpuig de les Avellanes, una de les obres gòtiques més importants del patrimoni català.