Desde las primeras excavaciones en el siglo XIX, se ha puesto de manifiesto el importante patrimonio arqueológico del Pla de l'Estany. Y es que aquí se concentran algunos de los yacimientos de referencia de Cataluña. Los resultados de estas intervenciones realizadas en la comarca se encuentran recogidos en el Museo Arqueológico Comarcal de Banyoles. No es de extrañar, por tanto, que este equipamiento cuente con una de las colecciones de paleontología y arqueología más importantes de Cataluña.

El museo se inaugura oficialmente en 1943 y ocupa desde entonces el palacio gótico de la Pia Almoina. De 2000 a 2009 se ha reformado la museografía adaptándola a criterios modernos. Actualmente el Museo Arqueológico Comarcal de Banyoles dispone de tres salas para la exposición permanente (la sala de Paleontología, la de Prehistoria y la de Historia) que permiten hacer un recorrido desde el Terciario superior hasta el siglo XVIII dC.

En la sala de Paleontología destacan restos fósiles de grandes animales del Terciario y el Cuaternario, como el cráneo de un tigre con dientes de sable del yacimiento de Incarcal. La sala de Prehistoria dedica una atención especial a la mandíbula neandertaliana de Banyoles encontrada en 1887 en el Pla de la Formiga y muestra también varias piezas del poblado neolítico de La Draga y de las Cuevas de Serinyà.

Por su parte, la sala de Historia explica cómo era el Pla del Llac a través de los hallazgos hechos principalmente en el poblado ibérico de Mas Castell de Porqueres y la villa romana de Vilauba. Para la etapa medieval-moderna se centra, sobre todo, en el barrio viejo de Banyoles.