La visita al Museu d’Història de Girona comença observant el seu edifici. És un casal gòtic (segle XV) propietat de la família Cartellà, que es va convertir en el convent caputxí de Sant Antoni al segle XVIII. D’aquesta època es conserva el cementiri, la cisterna i el claustre. A finals del segle XIX va adaptar-se com a institut i, finalment el 1981, es va transformar en museu. A més acull les restes de la muralla de l'antiga Gerunda i una part del recinte del Call medieval.

Tot un viatge per la història de Girona que ja anuncia el que hi trobarà exposat el visitant en el seu interior: un recorregut cronològic per la Girona romana, la medieval, la moderna i la contemporània que es completa amb diversos àmbits de tradicions catalanes com el de la cobla i la sardana.

Entre les peces destacades s’hi troba el fragment del mosaic pavimental de can Pau Birol, del 300 dC, l'escultura de bronze de l'Àngel de la Catedral de Girona, realitzada l'any 1764 per Ramon Salvatella, les obres modernistes i noucentistes dels escultors Fidel Aguilar i Ricard Guinó o els cartells d'actes polítics de la Transició a Girona, entre d’altres.

El Museu gestiona també el refugi antiaeri del Jardí de la Infància, de la Guerra Civil, i l’establiment modernista de l'Agència Gómez.